Seberapa Bahaya Omicron Dibanding Varian COVID-19 Lainnya.

Health photo created by freepik

Omicron adalah varian terbaru dari severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) dengan kode B.1.1.529. Pada tanggal 26 November 2021 yang lalu, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) mengumumkan varian ini sebagai varian yang menjadi perhatian (Kannan et al., 2021). Awalnya virus ini diidentifikasi di Botswana negara sebelah utara perbatasan dengan Afrika Selatan pada tanggal 11 November 2021 (Chan et al., 2021). Nama omicron sendiri berasal dari huruf alfabet Yunani. Sebagaimana diketahui WHO telah mengganti nama-nama varian COVID-19 dari berdasarkan negara menjadi huruf alfabet Yunani kuno seperti alpha, beta, delta dll.

Riwayat Mutasi COVID-19

Pada akhir 2020 dan awal 2021, ada tanda-tanda bahwa SARS-CoV-2 telah mencapai puncak. Para peneliti di Inggris menemukan varian yang disebut B.1.1.7 yang mengandung banyak mutasi pada protein Spike (S). Varian itu — sejak berganti nama menjadi Alpha — menyebar setidaknya 50% lebih cepat daripada garis keturunan yang beredar sebelumnya. Pejabat kesehatan masyarakat Inggris mengaitkannya dengan peningkatan misterius kasus di Inggris tenggara selama penguncian nasional pada November 2020. Pada waktu yang hamper sama, pemburu virus di Afrika Selatan menghubungkan varian sarat mutasi lain yang disebut B.1.351 — sekarang dikenal sebagai Beta — dengan gelombang kedua infeksi di sana. Tidak lama kemudian, varian yang sangat menular, sekarang disebut Gamma, dilacak ke negara bagian Amazonas di Brasil (Callaway, 2021).

Varian Delta diidentifikasi di negara bagian Maharashtra India selama gelombang ganas COVID-19 yang melanda negara itu pada musim semi 2021, dan para peneliti masih memperhitungkan konsekuensinya terhadap pandemi. Begitu tiba di Inggris, varian itu menyebar dengan cepat dan ahli epidemiologi menentukan bahwa itu sekitar 60% lebih mudah menular daripada Alpha, membuatnya beberapa kali lebih menular seperti strain pertama SARS-CoV-2.Delta adalah jenis super (Callaway, 2021).

Tim di Botswana dan Afrika Selatan mengidentifikasi varian terbaru Omicron pada akhir November – meskipun para peneliti mengatakan varian itu bukan berasal dari kedua negara tersebut – dan pejabat kesehatan telah menghubungkannya dengan wabah yang berkembang pesat yang berpusat di provinsi Gauteng Afrika Selatan. Varian ini menyimpan sekitar 30 mutasi protein S dan para ilmuwan di seluruh dunia sedang bekerja untuk mengukur ancaman yang ditimbulkannya (Callaway, 2021)..

Seberapa Jauh Persebaran Omicron 

Varian Omicron dengan cepat menyebar ke negara-negara tetangga, dan sekarang telah ditemukan di setidaknya 26 negara di seluruh dunia, termasuk kasus pertama yang dilaporkan di California, AS, per 1 Desember 2021 (Kannan et al., 2021).

Peningkatan pesat Omicron di Afrika Selatan adalah yang paling mengkhawatirkan para peneliti, karena ini menunjukkan varian tersebut dapat memicu peningkatan eksplosif dalam kasus COVID-19 di tempat lain. Pada 1 Desember, Afrika Selatan mencatat 8.561 kasus, naik dari 3.402 yang dilaporkan pada 26 November dan beberapa ratus per hari pada pertengahan November, dengan sebagian besar pertumbuhan terjadi di Provinsi Gauteng, tempat Johannesburg (Callaway & Ledford, 2021).

Hingga tanggal 15 Desember 2021, Direktur Jenderal WHO Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus menjelaskan bahwa Omicron telah terdeteksi di 77 negara setelah baru ditemukan akhir bulan lalu.

Perbedaan Dengan Varian Lain

Hingga saat ini, informasi tentang varian Omicron sangat terbatas. Sebuah studi analisis distribusi mutasi menunjukkan bahwa ada 46 mutasi pada varian Omicron. Dua puluh tiga di antaranya terlokalisasi dalam protein spike (S) dan sisanya terlokalisasi pada 3 protein struktural virus lainnya, amplop (E), membran (M), dan nukleokapsid (N). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa Omikron berkerabat dekat dengan varian Gamma (P.1) (Kannan et al., 2021).

Apakah Vaksin Bisa Mencegah/meredakan Keparahan?

Analisis struktural menunjukkan bahwa beberapa mutasi terlokalisasi ke wilayah protein S yang merupakan target utama antibodi, menunjukkan bahwa mutasi pada varian Omicron dapat mempengaruhi afinitas pengikatan antibodi terhadap protein S (Kannan et al., 2021).

Sebuah studi yang menggunakan model kecerdasan buatan (AI), yang telah dilatih dengan puluhan ribu titik data eksperimental dan divalidasi secara ekstensif oleh data eksperimental pada SARS-CoV-2, mengungkapkan bahwa Omicron mungkin lebih dari sepuluh kali lebih menular daripada virus asli atau sekitar dua kali lebih menular daripada varian Delta. Berdasarkan 132 struktur tiga dimensi (3D) kompleks antibodi-Domain Pengikatan Reseptor, studi ini juga mengungkap bahwa Omicron mungkin dua kali lebih mungkin lolos dari vaksin saat ini daripada varian Delta. Antibodi monoklonal (mAbs), salah satu terapi COVID-19 yang digunakan saat ini juga dapat terganggu secara serius sehingga berkurang efisiensinya (Chen et al., 2021).

Seberapa Bahayakah Omicron

Cara penularan dan tingkat keparahan varian Omicron hingga masih belum diketahui. Laporan awal mengaitkan Omicron dengan kondisi penyakit yang ringan, meningkatkan harapan bahwa varian tersebut mungkin tidak terlalu parah dibandingkan beberapa pendahulunya. Tetapi laporan-laporan ini, yang sering didasarkan pada anekdot atau sedikit data, dapat menyesatkan (Callaway & Ledford, 2021).

Tantangan utama ketika menilai tingkat keparahan varian adalah bagaimana mengontrol banyak variabel pengganggu yang dapat mempengaruhi perjalanan penyakit, terutama ketika wabah secara geografis terlokalisasi. Misalnya, laporan penyakit ringan akibat infeksi Omicron di Afrika Selatan dapat mencerminkan fakta bahwa negara tersebut memiliki populasi yang relatif muda, banyak di antaranya telah terpapar SARS-CoV-2 (Callaway & Ledford, 2021).

Selama hari-hari awal wabah Delta, ada laporan bahwa varian tersebut menyebabkan penyakit yang lebih serius pada anak-anak daripada varian lainnya — sebuah asosiasi yang bubar setelah lebih banyak data dikumpulkan (Callaway & Ledford, 2021).

Penelitian-penelitian yang ada saat ini lebih kearah studi laboratorium. Studi komputasi untuk memeriksa varian Delta dan Omicron menemukan bahwa varian Omicron memiliki afinitas yang lebih tinggi dengan ACE2 manusia daripada varian Delta karena sejumlah besar mutasi pada domain pengikatan reseptor SARS-CoV-2, menunjukkan potensi penularan yang lebih tinggi. Berdasarkan studi docking, mutasi Q493R, N501Y, S371L, S373P, S375F, Q498R, dan T478K berkontribusi signifikan terhadap afinitas pengikatan tinggi dengan ACE2 manusia (Kumar, 2021).

Beberapa tulisan ilmiah menyebutkan bahwa galur baru sering dianggap lebih berbahaya daripada galur lama, karena lebih menular. Omicron bisa lebih menular daripada Delta. Namun, karena Omicron memiliki perbedaan struktur dengan varian lain yang sangat menular, yaitu kurang tersinkronisasi di S-2, di atas tempat pembelahan, Omicron seharusnya kurang efektif dalam membentuk unit fusi trimerik dan oleh karena itu bisa kurang berbahaya (Philips, 2021).

Referensi

1. Callaway, E. (2021). Beyond Omicron: what’s next for COVID’s viral evolution. Nature, 600(7888), 204-207.
2. Callaway, E., & Ledford, H. (2021). How bad is Omicron? What scientists know so far. Nature, 600(7888), 197-199.
3. Chen, J., Wang, R., Gilby, N. B., & Wei, G. W. (2021). Omicron (B. 1.1. 529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv.
4. Kannan, S. R., Spratt, A. N., Sharma, K., Chand, H. S., Byrareddy, S. N., & Singh, K. (2022). Omicron SARS-CoV-2 variant: Unique features and their impact on pre-existing antibodies. Journal of Autoimmunity, 126, 102779.
5. Kumar, S., Thambiraja, T. S., Karuppanan, K., & Subramaniam, G. (2021). Omicron and Delta Variant of SARS-CoV-2: A Comparative Computational Study of Spike protein. bioRxiv.
6. Phillips, J. C. (2021). What Omicron Does, and How It Does It. arXiv preprint arXiv:2112.04915.